Keunggulan dari dibentuknya Budi Utomo bagi bangsa Indonesia adalah meningkatnya kualitas penduduk di Indonesia. Karena organisasi ini melaksanakan pembelajaran bahasa Belanda. Namun pada awal pembentukan Budi Utomo, organisasi ini memiliki berbagai kendala, yaitu :
a. Pembatasan anggota Budi Utomo hanya untuk masyarakat Jawa dan Madura;
b. Tidak mencampuri urusan politik.
Kongres Budi Utomo yang pertama berlangsung di Yogyakarta pada tanggal 3 Oktober – 5 Oktober 1908. Kongres ini dihadiri beberapa cabang yaitu Bogor, Bandung, Yogya I, Yogya II, Magelang, Surabaya, dan Batavia. Dalam kongres yang pertama berhasil diputuskan beberapa hal berikut.
a. Membatasi jangkauan geraknya kepada penduduk Jawa dan Madura.
b. Tidak melibatkan diri dalam politik.
c. Bidang kegiatan adalah bidang pendidikan dan budaya.
d. Menyusun pengurus besar organisasi yang diketuai oleh R.T. Tirtokusumo.
e. Merumuskan tujuan utama Budi Utomo yaitu kemajuan yang selaras untuk negara dan bangsa.